真核细胞内到卵白质的降解路线主要包括：（1）泛素-卵白酶体路线、（2）自噬-溶酶体路线、（3）半胱氨酸天冬氨酸卵白水解酶(caspase)路线、（4）Ca2+依赖钙卵白酶系统和（5）midnolin-卵白酶体路线以偏激他风物和路线。
（1）泛素-卵白酶体系统（Ubiquitin-proteasome system，UPS）是最关键的卵白质降解路线，UPS系统的构成包括泛素分子、E1泛素活化酶、E2泛素勾通酶、E3泛素集结酶、去泛素化酶（DUB）、26S卵白酶体和底物卵白。
（2）自噬-溶酶体路线是把细胞内充足的、挫伤的或者失实的卵白和细胞器输送至溶酶体进行降解。自噬-溶酶体路线由自噬体和溶酶体构成。自噬主要分为微自噬、巨自噬和分子伴侣介导的自噬，它们的共性是皆需要在溶酶体中降解卵白。
自噬又不错分为选拔性自噬和非选拔性自噬。因为自噬八成降解细胞内衰落的细胞器，是以大部分细胞器的不错发生对应的自噬，比如专家在文件中看到的线粒体自噬(Mitophagy)、内质网自噬(Reticulophagy)、核糖体自噬(Ribophagy)、高尔基体自噬（Golgi autophagy）、过氧化物酶体自噬(Pexophagy)、脂类自噬(Lipophagy)等。非选拔性自噬主如果在饥饿现象着落解充足的细胞质和细胞器为细胞提供能量，以及组织器官建立和重建进程中发生的自噬等。
（3）半胱氨酸天冬氨酸卵白水解酶(caspase)路线，简称胱天卵白酶路线是细胞凋一火现象下的卵白质降解路线。胱天卵白酶（caspase）是细胞凋一火的最终实施者。笔据功能，caspase不错分为治疗caspase（举例caspase1，2，4， 安徽普丰进出口有限公司5， 首页-汉士索仓储有限公司8，首页-汉西奋颜料有限公司9，10）和效应caspase（举例caspase3，6，7，礼服11）。caspase在细胞内皆是已往体pro-caspase的神志存在，唯有细胞凋一火时才被切割激活为有活性的caspase。
（4）Ca2+依赖钙卵白酶系统，简称钙卵白酶系统，是一种高度治疗的，依赖于Ca2+的卵白质水解酶系统。该系统由钙卵白酶（Calpain，CAPN）和钙卵白酶扼制卵白（Calpastatin，CAST）和钙卵白酶激活卵白（calpainactivator）构成。诚然专家对这个降解系统的了解比拟少，本色上钙卵白酶系统的三个构成部分的盘考最早不错辞别追忆到1964、1976和1982年。比如肌原纤维的降解就依赖CANP，CANP八成说明肌原纤维Z线隔邻的肌联卵白、伴肌动卵白、中间丝卵白和索卵白等，之后泛素卵白酶体路线和溶酶体路线等其他降解路线才智参与进来协同降解肌联卵白和肌动卵白等。
（5）midnolin-卵白酶体路线介导很多核卵白首生不依赖于泛素化修饰的卵白酶体降解。
（6）除了以上5种主要的卵白质降解路线以外，还有一些细胞器荒谬的卵白水解酶礼服，举例线粒体的La卵白酶、高尔基体内Kex2水解酶及细胞膜名义的水解酶等。
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